医院党政管理机构

党委（行政）办公室、组织人事部、党委宣传部、党委统战部、纪委办公室、工会、团委、审计办公室、财务部、保卫部（平安建设办公室）、医务部、病案室、医保医调办公室、护理部、医院感染管理办公室、药械部、东湖院区门诊部、运营管理办公室、教学管理办公室、毕业后教育办公室、科研管理办公室、学生工作办公室、信息化建设办公室、后勤保障部、招标采购办公室。

临床医技科室

临床科室：牙体牙髓病科、牙周病科（含洁牙室）、口腔黏膜病科、口腔颌面外一科（头颈肿瘤方向）、口腔颌面外二科（正颌创伤方向）、口腔外科门诊、麻醉科（含住院部手术室、门诊手术室、复苏室）、口腔修复一科、口腔修复二科、口腔正畸一科、口腔正畸二科、儿童口腔科、口腔预防保健科、口腔种植科、口腔综合科（含口腔急诊科）、国际诊疗中心（高级专家诊疗中心）、颞颌关节科、医疗美容科。

医技辅助科室：医技科(含口腔颌面影像科、口腔病理科、检验科、输血科、心电图室、营养室)、口腔技术工艺中心、模型室、供应室。

分门诊：世贸路门诊部、财大门诊部。

教研室、科研机构

教研室：口腔内科学教研室、口腔颌面外科学教研室、口腔修复学教研室、口腔正畸学教研室、口腔预防儿童教研室、口腔基础医学教研室。

科研机构：中心实验室、药物临床试验机构。